“CÓMO ME PUEDE AYUDAR EL INB A TRABAJAR CON MIS DATOS”
PROGRAMA
Miércoles, 16 de abril, 10-13h
José Manuel Rodríguez (INB, GN2-CNIO Bioinformática de Proteínas)
Federico Morán(INB, Nodo Central)
1.- Breve presentación del Instituto Nacional de Bioinformática. Estructura nodal y organización. Colaboración en proyectos de investigación. Servicios que oferta (servicios bioinformáticos, herramientas, capacidad de supercomputación). Formación (Roadshows)
2.- Introducción a web services y workflows. Clase práctica donde se hablará de los servicios web que el INB proporciona y en la que se realizará algún ejemplo práctico que utilize estos servicios web integrados en un workflow funcional y específico de acuerdo con las necesidades de los participantes en el curso. Como ejemplo, se mostrará una herramienta que implementa un pipeline para la anotación funcional de ESTs de moluscos.
Puedes descargarte la presentación aquí
Miércoles, 16 de abril, 15-18h
Andrés Cañada Pallarés (INB, Nodo Central)
Gonzalo Claros (Universidad de Málaga)
1.- Manejo de herramientas típicas bioinformáticas.
-BLAST. Herramienta de alineamientos locales de secuencias del NCBI. Funcionamiento. Blast en el NCBI. Blast local. Consideraciones y parámetros. Ejemplos prácticos.
-CLUSTAL. Herramienta que realiza alineamientos múltiples de secuencias. Clustal W y X. Consideraciones y parámetros. Ejemplos prácticos.
-HUMER. Herramienta que utiliza perfiles HMM para el análisis de secuencias de proteínas usando alineaciones múltiples de la secuencia como query. Consideraciones y ejemplos prácticos.
-Puedes visitar el ejercicio práctico realizado visitando el siguiente link)
2.- Manejo de la herramienta SeqTrim
Tutorial sobre esta herramienta que enseñará a los alumnos a preprocesar secuencias, eliminar contaminación de las mismas e identificar:
-secuencias insertadas mediante eliminación de secuencias de baja calidad,
-vectores de clonación,
-poly A y poly T tails
-sitios de restricción utilizados para clonaje
-terminal transferasa tails, etc…
Esta herramienta también permite enmascarar secuencias repetitivas o de baja complejidad para permitir su uso en ensamblaje mediante herramientas como por ejemplo CAP3.
Jueves, 17 de abril, 10-13h
David Montaner e Ignacio Medina (INB, GN3-CIPF Genómica Funcional)
1.- GEPAS — Introducción a Gepas, la suite de análisis de patrones de expresión génica que incluye herramientas para la normalización, clusterización, expresión diferencial de genes, predictores, array CGH y anotación funcional.
2.- Babelomics— Introducción a Babelomics, una completa suite de aplicaciones web para el análisis funcional de experimentos a escala genómica. Babelomics incluye herramientas para la anotación funcional de conjuntos de genes preseleccionados, como por ejemplo FatiGO+, Tissue Mining Tool and MARMITE. También incluye FatiScan y un modulo GSEA mejorado para encontrar bloques de genes funcionalmente relacionados.
Jueves, 17 de abril, 15-18h
Francisco Cámara (INB GN1-CRG Bioinformática y Genómica)
1.- Anotación de genes— GENEID, programa de predicción de genes en secuencias genómicas anónimas. GeneID puede utilizarse tanto de forma local como vía web. Los resultados pueden mejorarse utilizando evidencias externas como hits de BLAST o secuencias de ESTs alineadas. Consideraciones y ejemplos prácticos.
2.- Visualización— GFF2PS, programa para visualizar representaciones gráficas de una sección de un genoma mostrando la posición de los genes y de cualquier otro elemento funcional. Ejemplos prácticos.
