Fecha: miércoles 14 y jueves 15 de enero de 2009, de 10:00 a 18:00 horas
Lugar: Aula 1.06, Edificio Rojo. Campus Reina Mercedes
Organizador local: Carmen Vargas Macías ( This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it )
Nº de Plazas: 24
La inscripción es gratuita, pero se ruega confirmen la asistencia ( This e-mail address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it ) ya que el número de plazas es limitado y hay mucha demanda. Fecha límite de inscripción: 31-12-08
 
PROGRAMA
 
Miércoles, 14 de enero, 10-13h
José Manuel Rodríguez (INB, GN2-CNIO Bioinformática de Proteínas)
Federico Morán / Allan Orozco (INB, Nodo Central)
 
1.- Breve presentación del Instituto Nacional de Bioinformática. Estructura nodal y organización. Colaboración en proyectos de investigación. Servicios que oferta (servicios bioinformáticos, herramientas, capacidad de supercomputación). Formación (Roadshows)
 
2.- Introducción a web services y workflows.Clase práctica donde se hablará de los servicios web que el INB proporciona y en la que se realizará algún ejemplo práctico que utilize estos servicios web integrados en un workflow funcional y específico de acuerdo con las necesidades de los participantes en el curso. Como ejemplo, se puede mostrar alguna herramienta que implementa un pipeline para la anotación funcional de ESTs

Miércoles, 14 de enero, 15-18h
Gonzalo Claros (Universidad de Málaga)
Leonardo Arbiza y François Serra (INB, GN3-CIPF)
 
 
1.- Manejo de la herramienta SeqTrim. Tutorial sobre esta herramienta que enseñará a los alumnos a preprocesar secuencias, eliminar contaminación de las mismas e identificar: secuencias insertadas mediante eliminación de secuencias de baja calidad; vectores de clonación; poly A y poly T tails; sitios de restricción utilizados para clonaje; terminal transferasa tails, etc...  Esta herramienta también permite enmascarar secuencias repetitivas o de baja complejidad para permitir su uso en ensamblaje mediante herramientas como por ejemplo CAP3.
 
2.- Phylemon. Manejo de la suite que contiene herramientas para alineamiento, filogenia y tests de evolución: ClustaI-W, Mucle, PhyML, TreePuzzle, MrBayes, entre otras.

Jueves, 15 de enero, 10-13h
Francisco García y José Carbonell (INB, GN3-CIPF  Genómica Funcional)
 
1.- GEPAS —  Introducción a Gepas, la suite de análisis de patrones de expresión génica que incluye herramientas para la normalización, clusterización, expresión diferencial de genes, predictores, array CGH y anotación funcional.
 
2.- Babelomics— Introducción a Babelomics, una completa suite de aplicaciones web para el análisis funcional de experimentos a escala genómica. Babelomics incluye herramientas para la anotación funcional de conjuntos de genes preseleccionados, como por ejemplo  FatiGO+, Tissue Mining Tool and MARMITE. También incluye FatiScan y un modulo GSEA mejorado para encontrar bloques de genes funcionalmente relacionados.
 
Jueves, 15 de enero, 15-18h
Charles Chapple (INB GN1-CRG Bioinformática y Genómica) 
 
1.- Anotación de genes— GENEID, programa de predicción de genes en secuencias genómicas anónimas. GeneID puede utilizarse tanto de forma local como vía web. Los resultados pueden mejorarse utilizando evidencias externas como hits de BLAST o secuencias de ESTs alineadas. Consideraciones y ejemplos prácticos.
 
2.- Visualización— GFF2PS, programa para visualizar representaciones gráficas de una sección de un genoma mostrando la posición de los genes y de cualquier otro elemento funcional. Ejemplos prácticos.